او دارای کارشناسی گرافیک از دانشگاه هنر تهران و کارشناسی ارشد تصویرسازی از دانشگاه هنر و معماری تهران است و عضو انجمن نقاشان ایران و انجمن سفال و سرامیک ایران می‌باشد. بقائی نمایشگاه انفرادی خود را در گالری هم‌رس برگزار کرده و در رویدادهای متعددی از جمله دوازدهمین دوسالانه ملی سرامیک ایران و نمایشگاه‌های متعدد در خانه هنرمندان ایران و گالری‌های لاله، آریا و برگ حضور داشته است. رویکرد هنری مرضیه بقائی ریشه در زیست زنانه و تجربه‌های شخصی او دارد؛ هنر برایش رسانه‌ای برای روایت، درمان و بازخوانی فراز و نشیب‌های زندگی است. خاطرات کودکی، مواجهه با رنگرزی قالی، نقشه‌های دست‌کشیده پدر، اسلایدهای تاریخ هنر و اشیای قدیمی، تخیل او را شکل داده‌اند. آثارش آمیزه‌ای از رویا، طبیعت، نگارگری ایرانی و تاریخ هنر است که گاه در قالب نقاشی و گاه در حجم‌های سرامیکی متجلی می‌شود. او با وجود چالش سانسور عناصر زنانگی، بیان خود را به لایه‌های استعاری و پنهان‌تر منتقل کرده است. بداهه‌پردازی با مرکب روی بوم یا کاغذ سفید، برای او لحظه آغاز جادویی خلق اثر است؛ جایی که خط و سطح به قصه‌ای شخصی و درونی بدل می‌شوند و مخاطب را به شنیدن روایت او دعوت می‌کنند.